Derzeit wird die Inventarisierung der Bibliotheksbestände mit dem Programm "Bibliotheca2000" auf EDV-Betrieb umgestellt. Erfasst sind bisher die Bestände seit 1995.
Elektronisch inventarisiert sind auch ein Großteil der Plakatsammlung und der pädagogischen Lehrwerke.

Lesesaal
Dem Selbstverständnis des Museums als Stadt- und Landesmuseum wird die Salzburg-Abteilung des Lesesaales gerecht. Hier können sich die Besucher anhand von Ortschroniken, den in Salzburg erscheinenenden Reihen und den wichtigsten historischen und aktuellen Werken zur Salzburger Geschichte einen raschen Überblick verschaffen. Weiters sind die wichtigsten Nachschlagewerke und Zeitschriften zu den Sammlungsbereichen des Museums aufgestellt.

Kataloge und Bestandsverzeichnisse
Zettelkatalog für die Bestände bis 1994.
Schweinbach-Katalog: handschriftlicher Zettelkatalog der salzburgbezogenen Zeitungsartikel in Salzburger Zeitungen von 1863 - 1942.
SMCA-Jahresschrift 5, 1959: Paracelsiana.
SMCA-Jahresschrift 7, 1961: Musikaliensammlung.
Mikrofilmverzeichnis der Hill Monastic Manuscript Library (1981).
GZSa: Gesamtzeitschriftenverzeichnis Salzburg (1989).
Gerhard Renner: Die Nachlässe in den Bibliotheken und Museen Österreichs (1993).
Bestände ab 1995 abrufbar im Lesesaal mit "Bibliotheca2000".

Bibliotheksbestand
120.000 Druckwerke, vornehmlich zur Kunst- und Kulturgeschichte, davon ca. die Hälfte mit direktem Salzburg-Bezug.
Spezialsammlungen historischer Literatur über Protestantismus, Paracelsusforschung und Reisetätigkeit im späten 18. und frühen 19. Jahrhundert.
Pädagogische Lehrwerke.
Museumskataloge und Periodika von über 500 Schriftentauschpartnern aus der ganzen Welt.
In Salzburg erschienene Tageszeitungen in gebundener Form (u.a. Salzburger Chronik, Salzburger Volksblatt). 

Spezialsammlungen
Etwa 5000 Handschriften und Autographen.
Realia- und Personalia-, Stammbücher-, Kalender- und Partezettelsammlungen.
Theaterzettel und -programme von Landestheater und Salzburger Festspielen über einen Zeitraum von mehr als 150 Jahren.
Notenhandschriften und -drucke (2731 Stück).
Plakatsammlung (mehr als 4000 Katalogisate).

Nachlässe
bekannter in Salzburg wirkender Persönlichkeiten wie
Musiker: Richard Mayr, August Brunetti-Pisano, Joseph Messner (Handbibliothek und Schallarchiv)
Maler: Georg Pezolt, Hubert Sattler, Anton Faistauer, Werner Otte
Wissenschafter: Franz Valentin Zillner, Martin Hell (Handbibliothek)
Schriftsteller: Irma von Troll-Borostyani, Georg Trakl