Gegründet wurde das Salzburger Museums Carolino Augusteum (SMCA) 1834 als Privatsammlung des städtischen Leihhausverwalters Vinzenz Maria Süß mit Unterstützung des damaligen Bürgermeisters Alois Lergetporer. 1850 gab die Witwe nach Kaiser Franz I. Caroline Auguste dem Museum mit ihren Namen auch Bedeutung. 1852 übernahm die Stadt Salzburg endgültig die Sammlungen als städtisches Museum. Ab 1965 trugen Stadt und Land Salzburg die Kosten des SMCA je zur Hälfte.

Nach mehr als hundert Jahren Diskussion über einen geeigneten Standort für das Museum haben Stadt und Land Salzburg 1997 gemeinsam beschlossen, die Neue Residenz am Mozartplatz 1 dem Museum zu widmen. Im Jahr 2000 begannen unter der Direktion von Erich Marx die konkreten Planungen für die Umsetzung, im Herbst 2003 die Bauarbeiten, die im Sommer 2005 abgeschlossen waren.

Im Herbst 2005 wurde das alte Haupthaus am Museumsplatz 1 endgültig geschlossen. Während des gesamten Mozartjahres 2006 zeigte das SMCA in seinen neuen Räumen in der Neuen Residenz mit großem Erfolg die Ausstellung Viva! MOZART. Nach der Umgestaltung der Räume im Frühjahr 2007 eröffneten Bürgermeister Heinz Schaden, Landeshauptmann-Stellvertreter Wilfried Haslauer und Landeshauptfrau Gabi Burgstaller am 30. Mai 2007 das neue Museum.

Mit der Neueröffnung am neuen Standort hat das Museum auch seinen Namen geändert, ohne deshalb mit seiner langen Tradition zu brechen. Die gesamt Institution mit allen Häusern heißt nunmehr Salzburg Museum.

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